Если установлен nginx, то в конфиге прописать:

server_tokens off;

Если нужно убрать полностью заголовок Server, нужно скомпилировать nginx с дополнительным модулем headers-more-nginx:

// удаляем уже установленный nginx, через yum, например
// в /etc/nginx ваши конфиги останутся после удаления
# yum remove nginx


// давайте скачаем его, версия на 2019.03.31
# wget 'http://nginx.org/download/nginx-1.15.10.tar.gz'
# tar -xzvf nginx-1.15.10.tar.gz



// также нужно скачать исходники модуля headers-more-nginx-module
// исходники: https://github.com/openresty/headers-more-nginx-module/tags
// и указать путь до них в параметре --add-module
// версия на 2019.03.31
# wget 'https://github.com/openresty/headers-more-nginx-module/archive/v0.33.zip'

# cd nginx-1.15.10/

// могут понадобиться компилятор C, PCRE библиотека и zlib если они не установлены на вашем сервере
# yum install gcc
# yum install zlib-devel
# yum install pcre-devel

// указываем путь до nginx в который вы хотите установить его, например: /opt/nginx
// указываем путь до исходников модуля headers-more-nginx-module, через --add-module
// выполним configure чтобы создать Makefile для компиляции
# ./configure --prefix=/opt/nginx --add-module=/path/to/headers-more-nginx-module

// теперь компилируем если конфигурирование прошло успешно
# make
# make install

// установим в PATH путь до новой bin директории nginx
// я в домашнем файле-настройке .bash_profile установлю
PATH=$PATH:$HOME/bin
PATH=$PATH:/opt/nginx/sbin
export PATH

Теперь активируем удаление Server через модуль headers-more-nginx в конфиге nginx:

server {
    ..
    more_clear_headers Server;
    ..
}

В результате полностью удаляются данные про сервер в заголовке.

Также нужно установить nginx в автозапуск при старте сервера. Нужен скрипт сервиса для chkconfig.
Я нашел скрипт на https://www.nginx.com/resources/wiki/start/topics/examples/redhatnginxinit/, в нем нужно указать путь до nginx, у меня он установлен в /opt/nginx поэтому путь будет: nginx=»/opt/nginx/sbin/nginx».

// поставим права на nginx конфиг сервиса
# chmod 755 /etc/init.d/nginx
// теперь  нужно добавить новый сервис nginx в список.
# chkconfig --add nginx
// поставим уровни запуска
# chkconfig --levels 235 nginx on
// если nginx запущен уже - закроем его "kill номер_процесса" и запустим nginx как сервис
# service nginx start

С первого раза не получилось запустить, я указал просто путь в конфиге сервиса nginx nginx=/opt/nginx/sbin, а нужно путь до бинарного файла nginx=»/opt/nginx/sbin/nginx».